Unter „Entgiftung“ im naturheilkundlichen Sinne versteht man den Prozeß, über entsprechende Verfahren, wie z. B. den Einsatz von komplex-homöopathischen Mitteln kombiniert mit orthomolekularen Substanzen (siehe Abschnitt) genau die Organe anzuregen und zu unterstützen, durch die ein „Ausschwemmen“ von möglicherweise schädlichen Stoffen erreicht wird. Diese Entgiftungsorgane sind die Haut (z. B. Schwitzen in der Sauna wirkt engiftend), die Leber, die beispielsweise durch übermäßigen Genuß von Harnsäure (siehe Glossar) erzeugenden Nahrungsmitteln (z. B. Innereien, Spargel, Tomaten usw.) belastet wird, da diese Harnsäure von der Leber abgebaut werden muß, wenn sie sich nicht anreichern soll; also unterstützt man die Leber mit stärkenden komplexhomöopathischen Mitteln. Auch die Lunge stärkende Mittel können helfen, das sich durch die Atmung zwangsläufig ergebende Kohlendioxid besser wieder aus dem Körper zu leiten. Darm und Nieren können ebenfalls über Stuhl und Urin zur Reinigung von eher ungünstigen Stoffen, wie z. B. infektauslösende Bakterien angeregt werden.

Sind für den Organismus belastende Substanzen erst mal „entsorgt“, so verbessern sich Nähr- und Sauerstoff-Versorgung sowie Durchblutung wieder, was sich allgemein günstig auf Befinden und Gesundheit auswirkt.